Berdirinya Program Studi S1 Pedalangan tidak bisa lepas dari sejarah berdirinya Institut Seni Indonesia (ISI) Yogyakarta. Institut Seni Indonesia (ISI) Yogyakarta didirikan pada tahun 1984, tepatnya diresmikan pada tanggal 13 Juli 1984 oleh Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Dr. Nugroho Notosusanto. Pembentukan ISI Yogyakarta didasarkan pada Keputusan Presiden RI No. 39/1984 tertanggal 30 Mei 1984 (Link). ISI Yogyakarta merupakan fusi dari 3 pendidikan tinggi seni yaitu STSRI “ASRI”, AMI, dan ASTI, terdiri dari 3 fakultas yaitu FSRD, FK, FNGK. Tahun 1992, FK diubah menjadi FSP, FRSD diubah menjadi FSR.Tahun 1991 FNGK ditutup, sebagai penggantinya didirikan FSMR pada tahun 1993.

Sejak tahun 1984 sampai tahun 1992 Jurusan Seni Pedalangan menjadi bagian dari Program Studi Karawitan. Bersamaan dengan diubahnya FK menjadi Fakultas Seni Pertunjukan pada tahun 1992, Jurusan S1 Pedalangan memiliki keinginan memisahkan diri dari Program Studi Karawitan, berdiri sendiri menjadi Program Studi Pedalangan. Program Studi Pedalangan secara resmi berdiri sejak tahun 1996, dengan SK Pendirian Program Studi No 250/DIKTI/Kep/1996, tanggal 11 Juli 1996, oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Bambang Suhendro.